Des chercheurs de l’ETH Zurich à Bâle ont mis au point une méthode qui conserve une archive d’ARN dans des cellules humaines cultivées pendant plusieurs jours, pour retracer des réactions cellulaires éphémères. Les travaux ont été publiés dans Nature Biotechnology le 21 octobre 2026.
L’approche part d’une limite des méthodes actuelles car pour lire l’activité des gènes, les scientifiques mesurent généralement l’ARN, soit les transcrits des gènes actifs, mais ce prélèvement détruit la cellule. Chaque cellule ne peut donc être mesurée qu’une seule fois, ce qui ne donne qu’un instantané. La nouvelle méthode contourne cette limite et conserve une trace des réactions cellulaires qui disparaîtraient autrement.
Une archive construite par les cellules
L’équipe du département des biosystèmes de l’ETH Zurich à Bâle, dirigée par le professeur Randall Platt, est partie d’une protéine présente dans les granules de stress. Ces amas d’ARN se forment lorsque les cellules sont soumises à un stress, par exemple pendant une infection, afin de mettre l’ARN de côté pour plus tard. Les chercheurs ont modifié cette protéine, ainsi que deux autres, pour créer un système qui rassemble l’ARN d’une cellule en un film autour de ses mitochondries. À cet endroit, l’ARN est protégé des enzymes qui le dégraderaient normalement.
Les plans des trois protéines sont délivrés par des plasmides, puis les cellules construisent elles-mêmes l’archive. Chaque cellule peut stocker plusieurs milliers de molécules d’ARN pendant plusieurs jours. Les chercheurs appellent ces structures des « recordanelles ».
Mesurer une réponse éphémère
Dans des cellules humaines en culture, l’équipe a montré que l’archive pouvait enregistrer la réaction des cellules à une molécule de signalisation immunitaire. Cette réaction passerait inaperçue si l’on mesurait les cellules une fois qu’elle s’est estompée. « Si l’on mesure trop tard avec la méthode conventionnelle, on ne voit même plus que la réaction a eu lieu », explique Marcos Manero Carranza, doctorant et co-premier auteur de l’étude avec le postdoctorant Christopher Reinkemeier.
Le système aurait ainsi conservé des exemplaires de jusqu’à 90 % des différents types d’ARN messagers dans les cellules testées.
Brevet et perspectives en cancérologie
Les chercheurs ont déposé une demande de brevet et prévoient d’adapter cette technologie à l’animal et à la recherche sur le cancer. Pour l’instant, elle n’a été testée que sur des cellules humaines cultivées en laboratoire, et il s’agit d’un outil de recherche, pas d’un traitement.
L’une des cibles est constituée des cellules tumorales qui survivent à la chimiothérapie et peuvent ensuite provoquer une rechute. Christopher Reinkemeier explique : « On ne sait pas à l’avance quelles cellules deviendront ces cellules persistantes, et c’est un phénomène encore mal compris » « Si nous parvenons à utiliser notre système en recherche sur le cancer, nous pourrons isoler les cellules persistantes et remonter le fil de leur histoire ».
Reinkemeier CD, Manero-Carranza M, Farouni R, Filice F, Klotz A, Schneider-Heieck K, Andermann TL, Platt RJ: Recordanelles for transcriptome-wide single-cell RNA recording in human cells. Nature Biotechnology, 21. Oktober 2026, DOI: 10.1038/s41587-026-03327-6
