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Des chercheurs vont cartographier la dynamique des enzymes grâce au premier superordinateur d'IA du Danemark

Des chercheurs vont cartographier la dynamique des enzymes grâce au premier superordinateur d’IA du Danemark

par DTU Université technique (DNK)
5 novembre 2024
en Intelligence artificielle, Technologie

La Fondation Novo Nordisk et le Centre danois pour l’innovation en IA ont sélectionné les premiers projets de recherche qui auront accès au superordinateur d’IA « Gefion ». Parmi eux figure un projet de recherche de la DTU qui cartographiera la dynamique des enzymes et développera des enzymes capables de convertir le CO2 en carburants et produits chimiques durables.

Un projet de recherche de haut niveau de la DTU fait partie des six premiers projets qui sont passés par le chas de l’aiguille et qui auront accès au nouveau superordinateur d’IA financé par la Fondation Novo Nordisk et le Fonds danois d’exportation et d’investissement, établi en collaboration avec l’entreprise technologique américaine NVIDIA.

Dans le cadre de ce projet, des chercheurs de différents départements et centres de DTU utiliseront un nouveau type d’apprentissage automatique pour réaliser des simulations à grande échelle d’enzymes afin de déterminer comment ces dernières se déplacent. En comprenant leur dynamique, les chercheurs peuvent développer des enzymes plus efficaces qui peuvent convertir le CO2 capturé en carburants et produits chimiques durables.

« L’accès à Gefion nous permettra d’étudier une classe d’enzymes très intéressantes qui peuvent convertir le CO2 en carburants et produits chimiques durables. Nous pourrons le faire avec une précision et une rapidité sans précédent, ce qui nous permettra d’identifier de nouvelles enzymes efficaces pour convertir le CO2 en carburants durables tels que le méthanol », explique Tejs Vegge, professeur au DTU et directeur du Pioneer Center CAPeX.

Tejs Vegge est à l’origine du projet avec le chercheur principal Carlos G. Acevedo-Rocha et une large équipe de chercheurs de DTU. En utilisant différentes approches interdisciplinaires, ils s’efforcent de déchiffrer le code permettant de produire des carburants verts à grande échelle.

À l’avenir, l’utilisation d’enzymes pour convertir le CO2 capturé pourrait constituer un complément durable et efficace aux processus de production d’énergie par l’homme que nous utilisons aujourd’hui.

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Vision verte

Le fait que DTU soit l’une des premières universités à avoir accès au supercalculateur souligne la vision de l’université qui consiste à faire une différence positive pour la société et la transition verte, déclare Christine Nellemann, doyenne de la durabilité, de la diversité, de l’inclusion et des collaborations internationales à DTU.

L’extraordinaire puissance de calcul de Gefion ouvre de toutes nouvelles perspectives dans la recherche sur les technologies vertes qui peuvent contribuer à accélérer notre transition vers les énergies renouvelables.

« Le fait que nos chercheurs aient la possibilité d’exécuter à Gefion de grands ensembles de données et des simulations provenant d’excellentes initiatives de recherche de DTU signifie non seulement que nous pouvons en apprendre davantage sur les processus naturels de conversion du CO2, mais aussi que nous pouvons obtenir des résultats plus rapidement, ce qui est crucial si nous voulons proposer des solutions pour contrer le réchauffement climatique », a indiqué Christine Nellemann, doyenne de la durabilité, de la diversité, de l’inclusion et des collaborations internationales à DTU.

L'enzyme formate déshydrogénase, représentée par des spirales aux couleurs de l'arc-en-ciel. L'enzyme convertit le CO2 en un produit, le formiate, représenté par de petites boules blanches. Le cofacteur NAD+, qui permet la réaction, est représenté par des boules grises. Le bleu représente de nombreuses petites molécules d'eau entourant et dissolvant l'enzyme.
L’enzyme formate déshydrogénase, représentée par des spirales aux couleurs de l’arc-en-ciel. L’enzyme convertit le CO2 en un produit, le formiate, représenté par de petites boules blanches. Le cofacteur NAD+, qui permet la réaction, est représenté par des boules grises. Le bleu représente de nombreuses petites molécules d’eau entourant et dissolvant l’enzyme. Crédit : DTU

La puissance de calcul accélérera la recherche fondamentale

Les enzymes jouent déjà un rôle majeur dans notre vie quotidienne en tant que petites machines qui contribuent à accélérer les réactions chimiques. Non seulement dans notre corps, mais aussi dans la production d’aliments, de médicaments, de biomatériaux durables et de produits chimiques.

Les enzymes jouent également un rôle central dans de nombreux processus biologiques impliquant la conversion du CO2 dans la nature. En comprenant ces processus, nous pouvons développer des enzymes efficaces capables de convertir le CO2 capturé en carburants durables tels que le méthanol.

Avec Gefion, l’équipe interdisciplinaire peut simuler un nombre beaucoup plus important d’atomes et prendre en compte la façon dont les enzymes sont affectées par les fluides, ce qui est crucial pour prédire avec précision leur fonction et leurs mouvements dans le temps.

« La conception d’enzymes performantes est complexe et très difficile. Elle nécessite une puissance de calcul extraordinaire et nous oblige à tester les modèles d’enzymes calculés en laboratoire et à tirer des enseignements des résultats. La réalisation d’expériences et de tests en laboratoire est très importante pour valider les simulations des superordinateurs et les prédictions calculées. Cette étape est cruciale lorsque l’on utilise l’intelligence artificielle pour accélérer la recherche », explique Carlos G. Acevedo-Rocha, chercheur principal à la DTU.

Légende illustration : Les chercheurs de la DTU sont parmi les premiers à avoir accès au premier superordinateur d’IA du Danemark, « Gefion ». Les chercheurs utiliseront l’extraordinaire puissance de calcul de Gefion pour cartographier la dynamique des enzymes. Photo : Fondation Novo Nordisk.

Source : DTU Université technique du Danemark – Traduction Enerzine.com

Tags: carburantCO2enzymegefion
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DTU Université technique (DNK)

DTU Université technique (DNK)

L'Université Technique du Danemark (DTU) est une institution d'excellence fondée en 1829 à l'initiative du physicien Hans Christian Ørsted, s'inspirant du modèle de l'École Polytechnique de Paris. Initialement établie au cœur de Copenhague, elle est aujourd'hui située à Kongens Lyngby, à 12 kilomètres au nord de la capitale danoise. Créée sous le nom de "College of Advanced Technology", l'institution a connu plusieurs évolutions majeures. En 1994, elle adopte officiellement le nom de Danmarks Tekniske Universitet (DTU). Son déménagement vers le campus actuel de Lyngby, initié en 1960 et achevé en 1974, lui a permis de disposer d'infrastructures modernes sur une surface de 375 000 mètres carrés. DTU s'est imposée comme une université d'élite internationale, comptant aujourd'hui : - 11 031 étudiants - 2 117 membres du personnel académique - 5 895 employés au total L'université excelle particulièrement dans six domaines stratégiques majeurs : - Nanotechnologie - Biotechnologie - Technologies de l'Information et de la Communication - Technologies énergétiques et environnementales - Sciences alimentaires et médico-technologies - Technologies spatiales et robotique L'université est organisée en départements spécialisés couvrant un large spectre scientifique. Les axes de recherche prioritaires incluent : - L'intelligence artificielle - Les données massives (Big Data) - L'Internet des objets (IoT) - Les sociétés intelligentes et sécurisées - La fabrication intelligente - Les sciences de la vie

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