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Wearing protective gear against toxic gases, Solange Duhamel stands next to a lava flow during an outing to collect samp

Vêtue d'un équipement de protection contre les gaz toxiques, Solange Duhamel se tient près d'une coulée de lave lors d'une sortie destinée à prélever des échantillons de roches volcaniques fraîchement déposées. Crédit : Christopher Hamilton

La vie sur la lave : Comment les microbes colonisent de nouveaux habitats

par La rédaction
5 janvier 2026
en Environnement, Risques

La vie a la capacité de rebondir, même après des événements catastrophiques comme des incendies de forêt ou des éruptions volcaniques. Si la résilience de la nature face aux catastrophes naturelles est reconnue depuis longtemps, on sait peu de choses sur la façon dont les organismes colonisent des habitats entièrement nouveaux pour la première fois. Une nouvelle étude menée par une équipe d’écologues et de planétologues de l’Université de l’Arizona offre un aperçu de ce processus mal compris. 

L’équipe a mené des recherches sur le terrain en Islande suite à une série d’éruptions du volcan Fagradalsfjall, situé à la pointe sud-ouest de l’île. Le volcan a fait éruption au total trois fois au cours de la période d’étude, de 2021 à 2023. À chaque éruption, les coulées de lave ont recouvert la toundra autour du volcan, couvrant même par endroits les dépôts de lave de l’année précédente.

« La lave qui sort du sol dépasse les 2 000 degrés Fahrenheit, donc elle est évidemment complètement stérile », a déclaré Nathan Hadland, un doctorant du Laboratoire lunaire et planétaire de l’Université de l’Arizona et premier auteur d’un article publié dans Nature Communications Biology. « C’est une page blanche qui offre essentiellement un laboratoire naturel pour comprendre comment les microbes la colonisent. »

Pour démêler les dynamiques écologiques impliquées dans ce processus, Hadland et son équipe ont cherché des indices sur l’origine des microbes qui colonisent la lave fraîche. Ils ont collecté des échantillons à partir de diverses sources potentielles, notamment de la lave qui s’était solidifiée quelques heures auparavant, de l’eau de pluie et des aérosols – des particules flottant dans l’air. Pour contextualiser, ils ont échantillonné le sol et les roches des zones environnantes.

Les chercheurs ont ensuite extrait l’ADN de ces échantillons et utilisé des techniques statistiques et d’apprentissage automatique sophistiquées pour identifier les organismes présents sur les coulées de lave nouvellement déposées, la composition de ces micro-habitats et leur origine.

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Bien que l’Islande reçoive une quantité considérable de précipitations, les roches de lave fraîchement déposées ne retiennent pas beaucoup d’eau et contiennent peu ou pas de nutriments organiques, a expliqué Nathan Hadland. Pour prospérer dans cet environnement pauvre, les organismes doivent faire face à des quantités très faibles d’eau et de nutriments.

« Ces coulées de lave font partie des environnements à la biomasse la plus faible sur Terre », a affirmé la co-autrice Solange Duhamel, professeure associée au Département de biologie moléculaire et cellulaire de l’Université de l’Arizona, au Collège des sciences, et au LPL. « Elles sont comparables à l’Antarctique ou au désert d’Atacama au Chili, ce qui n’est pas si surprenant étant donné qu’elles partent d’une page blanche. Mais nos échantillons ont révélé que des organismes unicellulaires les colonisent assez rapidement. »

Alors que les microbes colonisaient le nouvel habitat, la biodiversité a augmenté au cours de la première année suivant une éruption. Mais après le premier hiver, la diversité a « plongé », selon Nathan Hadland, probablement parce que les changements saisonniers des conditions environnementales sélectionnaient un sous-ensemble spécifique capable de survivre à ces conditions. Avec chaque hiver suivant, les analyses ont révélé moins de renouvellement et ont montré que la diversité se stabilisait avec le temps. Avec toutes ces données, une image a commencé à émerger.

Le 23 mars 2021, de la lave incandescente s'écoule du volcan islandais Fagradalsfjall lors d'une de ses éruptions répétées au cours de la période d'étude de trois ans.
Le 23 mars 2021, de la lave incandescente s’écoule du volcan islandais Fagradalsfjall lors d’une de ses éruptions répétées au cours de la période d’étude de trois ans. Crédit : Christopher Hamilton

Des microbes « badass » arrivent en premier

« Il semble que les premiers colonisateurs soient ces microbes « badass », faute d’un meilleur terme, ceux qui peuvent survivre à ces conditions initiales », a précisé Nathan Hadland, « parce qu’il n’y a pas beaucoup d’eau et très peu de nutriments. Même lorsqu’il pleut, ces roches sèchent très vite. »

Au cours des mois suivants et des changements saisonniers, l’étude a révélé que la communauté microbienne commence à se stabiliser, car davantage de microbes sont apportés par l’eau de pluie et « s’installent » à partir des zones adjacentes.

Une découverte majeure de l’étude a indiqué que l’eau de pluie joue un rôle critique dans la formation des communautés microbiennes sur la lave fraîchement déposée, selon les chercheurs.

« Au début, il semble que les colonisateurs proviennent surtout du sol qui est soufflé sur la surface de la lave, ainsi que des aérosols déposés », a indiqué Nathan Hadland. « Mais plus tard, après ce changement hivernal de diversité que nous avons observé, nous voyons que la plupart des microbes proviennent de l’eau de pluie, et c’est un résultat assez intéressant. »

Les scientifiques savent depuis longtemps que l’eau de pluie n’est pas stérile ; les microbes dans l’atmosphère, flottant librement ou attachés à des particules de poussière, peuvent même fonctionner comme des noyaux de condensation nuageuse, qui sont des particules microscopiques offrant à la vapeur d’eau une surface à laquelle s’accrocher pour former de minuscules gouttelettes. En d’autres termes, de minuscules créatures invisibles peuvent jouer des rôles disproportionnés dans les phénomènes météorologiques et climatiques.

« Voir cet énorme changement après l’hiver était assez incroyable », a souligné Solange Duhamel, « et le fait que ce soit si reproductible et cohérent sur les trois différentes éruptions – nous ne nous y attendions pas. »

Si des études antérieures ont examiné comment les organismes colonisent un habitat, la plupart se concentrent sur la succession écologique secondaire – le terme technique pour la reconquête d’un habitat perturbé – et sur la macro-écologie, c’est-à-dire les plantes et les animaux. Mais la recherche présentée dans cet article est la première étude approfondie de la succession primaire par les microbes – des organismes s’installant dans un nouvel habitat au fur et à mesure de sa formation, selon les auteurs. Et contrairement aux recherches précédentes basées sur des échantillons collectés des mois après une éruption volcanique, l’équipe de Hadland a échantillonné les coulées de lave dès qu’elles refroidissaient. Enfin, parce que les éruptions se sont produites sur trois ans, l’équipe a pu reconstituer une image écologique avec une résolution sans précédent.

« Le fait que nous ayons pu le faire trois fois – suite à chaque éruption dans la même zone – est ce qui distingue notre projet », a relevé Nathan Hadland. « En science, nous voulons mesurer les choses trois fois – ce que nous appelons un « triplicata », si possible, et c’est très rare dans un environnement naturel. Pour cette étude, la nature nous donne essentiellement un triplicata. »

De l’Arizona à l’Islande, jusqu’à Mars

« Pour la première fois, nous commençons à acquérir une compréhension mécaniste de la façon dont une communauté biologique s’est établie au fil du temps, depuis le tout début », a déclaré Duhamel, ajoutant que l’une des implications de l’étude est d’éventuellement éclairer l’habitabilité d’autres mondes comme Mars.

La majeure partie de la surface martienne est basaltique et a été modifiée par des processus volcaniques comme sur Terre, a expliqué Duhamel, même si le volcanisme s’est considérablement apaisé sur Mars.

« L’activité volcanique injecte beaucoup de chaleur dans le système, elle libère des gaz volatils, elle peut faire fondre l’eau gelée sous la surface », a-t-elle détaillé. « Nous pouvons observer ces vastes terrains volcaniques sur Mars par télédétection, et donc l’idée est que les éruptions volcaniques passées pourraient avoir créé des périodes transitoires d’habitabilité. »

Comprendre comment les microbes pourraient potentiellement coloniser de nouveaux environnements et démêler leurs modèles de distribution spatiale est une première étape pour sonder le potentiel de vie sur d’autres planètes. Plus tôt cette année, Duhamel faisait partie d’une équipe de chercheurs de l’Université de l’Arizona sélectionnée pour le premier prix « Big Idea Challenge », administré par le Bureau de la recherche et des partenariats. Les équipes finalistes recevront 250 000 $ sur deux ans et un accompagnement stratégique pour soutenir une recherche transformatrice cherchant des solutions nouvelles à des défis majeurs.

« Nous pouvons commencer à aborder des questions comme, « Comment le volcanisme influence-t-il l’habitabilité ? » « Comment les microbes tirent-ils parti de ce type d’environnements ? » et appliquer les réponses à des types de systèmes similaires que nous avons observés sur Mars », a poursuivi Solange Duhamel. « Comprendre comment la vie pourrait s’établir sur une nouvelle coulée de lave à la surface de Mars, ou du moins comment elle aurait pu le faire dans le passé, et savoir quels types de biosignatures nous devrions rechercher et pourrions potentiellement retrouver, est une étape cruciale dans cette direction. »

Les co-auteurs de l’article incluent Christopher Hamilton, professeur associé au Département des sciences planétaires de l’Université de l’Arizona, et Snædís Björnsdóttir de l’Université d’Islande à Reykjavik.

Article : Three eruptions at the Fagradalsfjall Volcano in Iceland show rapid and predictable microbial community establishment – Journal : Communications Biology – Méthode : Experimental study – DOI : Lien vers l’étude

Source : Arizona EDU

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Information complémentaire :🔬 Etude scientifique✅ Vérifié rédaction
Tags: colonisationlavemicrobesvolcan
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Life has a way of bouncing back, even after catastrophic events like forest fires or volcanic eruptions. While nature's resilience to natural disasters has long been recognized, not much is known about how organisms colonize brand-new habitats for the first time. A new study led by a team of ecologists and planetary scientists from the University of Arizona provides glimpses into a poorly understood process. 

The team conducted field research in Iceland following a series of eruptions of the Fagradalsfjall volcano, located on the southwestern tip of the island. The volcano erupted for a total of three times over the course of the study period, from 2021 until 2023. With each eruption, lava flows blanketed the tundra around the volcano, in some places even covering lava deposits from the previous year.

"The lava coming out of the ground is over 2,000 degrees Fahrenheit, so obviously it is completely sterile," said Nathan Hadland, a doctoral student in the U of A Lunar and Planetary Laboratory and first author of a paper published in Nature Communications Biology. "It's a clean slate that essentially provides a natural laboratory to understand how microbes are colonizing it."

To untangle the ecological dynamics involved in that process, Hadland and his team searched for clues about where the microbes that colonize fresh lava come from. They collected samples from a variety of different potential sources, including lava that had solidified mere hours before, rainwater, and aerosols – particles floating in the air. For context, they sampled soil and rocks from surrounding areas.

The researchers then extracted DNA from these samples and used sophisticated statistical and machine learning techniques to identify the organisms present on freshly imposed lava flows, the composition of these micro-habitats and where they originated.

While Iceland receives a considerable amount of precipitation, freshly deposited lava rocks don't hold much water and contain little to no organic nutrients, Hadland explained. To thrive in that scarce environment, organisms have to deal with very low amounts of water and nutrients.

"These lava flows are among the lowest biomass environments on Earth," said co-author Solange Duhamel, associate professor at the U of A's Department of Molecular and Cellular Biology, in the College of Science, as well as LPL. "They are comparable to Antarctica or the Atacama Desert in Chile, which is not that surprising considering they start out as a blank slate. But our samples revealed that single-celled organisms are colonizing them pretty quickly."

As microbes colonized the new habitat, biodiversity increased over the course of the first year following an eruption. But after the first winter, diversity "tanked," according to Hadland, probably because the seasonal shifts in environmental conditions were selecting for a specific subset that could survive those conditions. With each subsequent winter, the analyses revealed less turnover and showed that diversity stabilized over time. With all these data, a picture began to emerge.

'Badass microbes' move in first

"It appears that the first colonizers are these 'badass' microbes, for lack of a better term, the ones that can survive these initial conditions," Hadland said, "because there's not a lot of water and there's very little nutrients. Even when it rains, these rocks dry out really fast."

Over the next several months and seasonal shifts, the study revealed, the microbial community begins to stabilize, as more microbes are added with rainwater and "moved in" from adjacent areas.

A major finding of the study pointed to rainwater playing a critical role in shaping microbial communities on freshly deposited lava, according to the researchers.

"Early on, it appears colonizers are mostly coming from soil that is blown onto the lava surface, as well as aerosols being deposited," Hadland said. "But later, after that winter shift in diversity we observed, we see most of the microbes are coming from rainwater, and that's a pretty interesting result."

Scientists have long known that rainwater is not sterile; microbes in the atmosphere, either free floating or attached to dust particles, can even function as cloud condensation nuclei, which are microscopic particles that offer water vapor a surface to latch on to and grow into tiny droplets. In other words, tiny, invisible creatures may play outsized roles in weather and climate phenomena.

"Seeing this huge shift after the winter was pretty amazing," Duhamel said, "and the fact that it was so replicable and consistent over the three different eruptions – we were not expecting that."

While previous studies have looked at how organisms colonize habitat, most of them focus on secondary ecological succession – the technical term for organisms reclaiming disturbed habitat – and macro ecology, in other words, plants and animals. But the research in this paper is the first in-depth look at primary succession by microbes – organisms moving into new habitat as it is being formed, according to the authors. And unlike previous research based on samples collected months after a volcanic eruption, Hadland's team sampled lava flows as soon as they cooled. Finally, because the eruptions were going on over three years, the team was able to piece together an ecological picture with unprecedented resolution.

"The fact that we were able to do this three times – following each eruption in the same area – is what sets our project apart," Hadland said. "In science, we want to measure things three times – what we call a 'triplicate,' if possible, and that is very rare in a natural environment. For this study, nature essentially is giving us a triplicate."

From Arizona to Iceland to Mars

"For the first time, we are beginning to gain a mechanistic understanding of how a biological community established over time, from the very beginning," Duhamel said, adding that one of the study's implications is to potentially inform the habitability on other worlds such as Mars.

Most of the Martian surface is basaltic and has been modified by volcanic processes just like Earth, Duhamel explained, even though volcanism has quieted down considerably on Mars.

"Volcanic activity injects a lot of heat into the system, and it releases volatile gases, it can melt frozen water beneath the surface," Duhamel said. "We can observe these widespread, large volcanic terrains on Mars with remote sensing, and so the idea is that past volcanic eruptions could have created transient periods of habitability."

How microbes could potentially colonize new environments and unraveling their spatial distribution patterns is a first step toward probing the potential of life on other planets. Earlier this year, Duhamel was part of a team of U of A researchers selected for the inaugural "Big Idea Challenge" award, administered by the Office of Research and Partnerships. Finalist teams will receive $250,000 over two years and strategic guidance to support transformative research that seeks novel solutions to grand challenges.

"We can begin to tackle questions like, 'How does volcanism influence habitability?' 'How do microbes take advantage of those types of environments?' and apply the answers to similar types of systems that we have observed on Mars." Duhamel said. "Understanding how life could establish itself on a new lava flow on the surface of Mars, or at least how it could have done so in the past and knowing what kinds of biosignature we should look for and could potentially retrieve is a crucial step in that direction."

Co-authors on the paper include Christopher Hamilton, U of A associate professor in the Department of Planetary Sciences, and Snædís Björnsdóttir with the University of Iceland in Reykjavik.

Journal

Communications Biology

DOI

10.1038/s42003-025-09044-1

Method of Research

Experimental study

Subject of Research

Not applicable

Article Title

Three eruptions at the Fagradalsfjall Volcano in Iceland show rapid and predictable microbial community establishment

Article Publication Date

24-Nov-2025

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